Di dalam buku Islam dan Ilmu  karangan Kuntowijoyo hal 111- 120, persoalan yang di hadapi ialah cara mensosiasikan suatu paradiga baru dalam ilmu,”islamisasi pengetauhan” paradigma Islam saat ini dil akui jajaran ilmu secara international, tidak terbatas di dunia Islam. “globalisasi” juga berart di sahkannya hegomoni ilmu sekuler. Sosialisasi paradigma Islam memakai strategi ganda jalur bahwa dan jalur atas,di bawah ini. “di jalur atas paradigma Islam dapat di mulai dengan kritik sosial budaya atas peradaban modern seperti yang di lakukan oleh aliran Critical Theory dari mazhab frankfurt.

            “Paradigma Isla dan Peradaban Modern bahwa tugas pertama paradigma Islam ialah melawan sekularisme. Sekularisme mempunyai multifetik, merasuk dalam jiwa-jiwa peradaban, dan sangat fundamental dalam cara berfikir manusia. Dan jangan lupa indonesia adalah bagian dari peradaban modern, tempat hiburan “maksiat, pornografi, dan penyimpangan seksual  adalah sekularisme-matrealisme, dan cara berfikir “kekiri-kirian” dan keraguan intelektual terhadap kebenaran al-Qur’an generasi muda berlatar belakang pendidikan agama adalah sekularisme-skeptisme.

            Paradigma Islam dan Pearadaban Modern

            Situasi problematika di dunia modern justru di sebabkan oleh perkembangan pemikiran manusia sendiri. Di balik kemajuan ilmu dan teknologi, dunia modern sesungguhnya menyimpan suatu potensi yang dapat menghancurkan martabat manusia. Umat manusia telah berhasil mengorganiskan ekonomi, menata struktural politik, serta membangun peradaban yang maju untuk diri nya sendiri, tapi pada saat yang sama, kita juga melihat bahwa umat manusia telah menjadi tawanan dari hasil-hasil ciptaannya itu. Sejak manusia memasuki zaman modern, yaitu sejak manusia mampu mengembangkan potensi-potensi rasional nya mereka memang telah membebaskan diri dari belenggu pemikiran hukum alam yang sangat mengikat kebebasan manusia.

            Cita-Cita Renains dan Munculnya Sekularisme

            Renains telah melahirkan revolusi paham keagamaan bahwa pada dasarnya manusia itu merdeka , juga sekaligus melahirkan revolusi pemikiran yang pada akhirnya menimbulkan revolusi ilmu pengetauhan itu ternyata juga menimbulkan masalah-masalah baru. Semangat untuk membebaskan diri dari Tuhan menyebabkan agonotitisme terhadap agama, dan pada gilirannya menimbulkan sekularisme. Sementara itu revolusi ilmu pengetauhan dalam semangat non agama dan bahkan anti agama dan bahkan anti agama, menghasilkan paham bahwa ilmu pengetauhan secara inheren bersifat bebas-nilai.

            Misi Pembebasan

            Dalam misi Islam yang paling besar adalah pembebasan, dunia modern, ini berati Islam harus membebaskan manusia dari aliran fikiran filsafat yang menganggap manusia tidak mempunyai kemerdekaan dan hidup dalam absurditas. Tapi karena dunia modern juga menghasilkan sistem-sistem yang membelenggu manusia, baik berupa sistem sosial dan ekonomi. Maupun sistem yang menyebabkan. Manusia tidak dapat mengaktualisasikan diri nya sebagai makhluk yang merdeka dan mulia, maka Islam sekali lagi harus melakukan revolusi untuk pembebasan. Dengan visi teologis semacam ini,  Islam sesungguhnya menyediakan basis filsafat untuk mengisi spiritual yang merupakan produk  dunia modern industrial. Sudah satt nya Islam harus kembali memimpin peradaban dan menyelamatkan manusia dari belenggu modern.